海南医学院基础医学学科拥有人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、免疫学、病原生物学、法医学5个二级学科，下辖有12个教研室，一个校级重点研究室（分子生物学），四个教学实验室。另外，热带病省级重点实验室和科学实验中心（研究平台）的研究方向和人员的学科归属为基础医学学科。

基础医学面向本科各专业开设了19个门类的课程，包括人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物学、生物化学、病理学、病理生理学、免疫学、病原生物学、法医学等，在我校医学教育和科研活动中具有重要的作用。本学科多名教师受聘于多个兄弟院校兼职硕士导师。