热带生物医学组学大数据李霞教授研究团队在《Cancer Research》杂志发表题为“LncSpA: LncRNA Spatial Atlas of Expression across Normal and Cancer Tissues”文章（SCI 9.727，JCR一区）。长链非编码RNA（Long non-coding RNAs, LncRNAs）在维持细胞形态和组织功能中发挥重要的作用，其精细调控作用主要取决于其组织特异的表达模式。随着新一代测序技术的发展，越来越多的组织中lncRNA的表达被刻画，然而并没有有效的在线分析资源用于探究lncRNA在不同疾病以及组织中的表达分布状态。

在该研究中，通过系统分析>20000个样本的转录组数据，这些数据涉及38个组织以及33种癌症类型，系统识别了组织、癌症中特异表达的lncRNAs。此外，通过结合癌症病人的生存等数据，识别了癌症中差异表达以及与预后密切相关的lncRNAs。除了成人癌症外，该资源也提供了多种儿童癌症中的lncRNA表达模式研究（图1）。该资源容许用户查询、浏览以及下载lncRNA在不同组织、癌症中的表达模式，以及共表达基因、预测的功能等详细信息，为研究复杂疾病中lncRNA的功能提供了重要的资源。

图1、LncSpA数据资源搭建流程图。

用户可以通过http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncSpA/访问该资源平台（图2），在首页中可以方便的在成人以及儿童样本间进行切换。用户可以通过以lncRNA-Centric、Normal-Centric、Cancer-Centric或者Clinical-Centric的方式查询感兴趣的lncRNA分子，所有的查询结果提供了层次结构方便的展示lncRNA共计8方面的信息。此外，在该研究中提供了大量的案例分析来利用LncSpA资源研究lncRNA分子的功能，包括分析lncRNA在不同组织和癌症中的表达分布，识别临床相关的lncRNA，探索组织和癌症之间的相似性，优选癌症lncRNA，预测lncRNA的功能以及成人和儿童癌症间的比较。该资源自发布以来，已经被24个国家近1000人访问。总之，该资源的建立为研究复杂疾病中lncRNA的调控及功能提供了便利的工具和资源。

图2、LncSpA在线资源页面。

该项研究工作受到了国家自然科学基金（61873075, 31871338, 31970646）以及热带转化医学教育部重点实验室等项目的资助。

全文链接：https://cancerres.aacrjournals.org/content/80/10/2067.long