近日，热带生物医学组学大数据李霞教授研究团队在Nature子刊《Nature Communications》杂志以Article形式发表题为“Pan-cancer characterization of immune-related lncRNAs identifies potential oncogenic biomarkers”文章（SCI 11.878，JCR一区）。肿瘤的免疫治疗是当前研究的热点问题之一，然而大部分研究人员主要关注于编码基因在肿瘤免疫中的调控作用，对于非编码RNA的了解却相对较少。作为基因组的主要组成部分，非编码RNA在癌症中的作用不容小觑，尤其是长链非编码RNA（lncRNA）在肿瘤中的作用逐步被刻画。

李霞教授课题组一直关注于复杂疾病中lncRNA的作用机制研究，开发了一系列计算学方法（如LncMAP、Co-LncRNA等）解析lncRNA在疾病中的调控作用方式。在该项研究中，该团队通过整合基因组范围的lncRNA和mRNA表达数据，开发了计算学方法ImmLnc用于识别复杂疾病中调控免疫相关通路的lncRNA调控因子（图1）。通过借助于单细胞测序数据、文本挖掘等技术，发现识别的lncRNA调控因子在免疫细胞中高表达，并且与免疫细胞浸润水平密切相关，这些结果表明lncRNA调控因子在肿瘤免疫微环境中发挥重要作用。进一步，该团队基于识别的免疫相关lncRNA刻画了肺癌的不同分子亚型，分析发现可以将肺癌区分为增殖型、中间型和免疫型三种分子亚型，三种肺癌分子亚型的病人在生存时间、免疫细胞浸润水平及免疫治疗反应等方面具有显著差别。

图1、复杂疾病中lncRNA免疫调控因子识别方法流程及亚型识别

为了方便研究人员应用该计算方法于其他复杂疾病，该团队将方法集成了R语言包，并且搭建了在线的ImmLnc平台（图2）。该平台为用户提供了友好的界面查询33种肿瘤中lncRNA与免疫相关通路的调控以及lncRNA与免疫细胞浸润的相关性，同时还提供了lncRNA在肿瘤中的表达扰动情况，为研究人员解析lncRNA的免疫调控作用提供了重要的平台与资源。用户可以通过访问http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/ImmLnc/进入该平台进行数据分析以及查询，同时，该分析平台提供了所有的结果数据下载，方便计算人员进行更深入的分析和应用。

图2、ImmLnc在线分析平台

这项研究工作从计算系统生物学的角度提出了复杂疾病中lncRNA免疫调控因子的识别方法，该方法可以进一步应用于病毒感染等相关疾病，为包含热带疾病在内的复杂疾病lncRNA免疫调控功能解析以及关键lncRNA生物分子标记的筛选提供了新的视角。该项研究工作受到了国家自然科学基金（61873075, 31871338, 31970646）以及热带转化医学教育部重点实验室等项目的资助。

全文链接：

http://www.nature.com/articles/s41467-020-14802-2