显微形态学实验室属于需要大量用水的实验室（wet lab）。不同的技术，对水质的要求有所差别。细胞的体外培养就属于需要高质量纯水的技术操作。操作者应当熟悉实验用水的质量和选择，才能又好又省地完成实验。
我们在生活中接触到的水主要有天然水和加工后的自来水。其中，天然水又分未经过滤的河流、湖泊、集雨器收集的水，以及经过地层过滤的井水和地下水。在显微研究领域，除非观察对象是天然微生物，其他实验均不能使用未过滤天然水。井水和地下水是实验室可用的质量级别最低的水。这些水含较高浓度的无机盐，有微生物污染，pH受当地环境的影响较大。净化加工的自来水主要用于工作台清洁、器械清洗等，偶用于实验配液。自来水中的无机盐浓度也较高，但微生物污染少，pH一般为微碱性（7.2 ~ 7.8）。有些地区的自来水余氯含量偏高，配液时可能意外氧化某些强还原性的试剂。即使配制诸如中性缓冲甲醛、平衡盐溶液等常规试剂，自来水中的钙镁离子碰到磷酸根，也会生成沉淀而使所配的液体浑浊，试剂效能大受影响。
水质合格的实验用水，必须经过纯化加工。按国际和国家标准，分析实验的纯化水分为3级（见下表）。其中，3级水即蒸馏水或去离子水，可用于配制大部分试剂（如漂洗、浸润用PBS、固定液、麻醉剂、染色液等），也常用来浸泡经自来水冲洗干净的器皿。细胞培养、核酸分析和银染实验等，3级水含有的杂质会造成干扰，不能满足要求。2级水则可胜任绝大部分显微实验。1级水在某些对精度要求很高的操作中使用。高精度分析试剂、某些RNA反应、细胞培养液的制备等，常用到1级纯水。由于空气中的氧化物及杂质很容易混入水中，故1级水是不能长时间保存的；原则上使用前临时从纯水发生仪制备。
