1.疾病的早期筛查：蛋白芯片通量高，1张芯片可同时检测多个指标，克服了单个指标筛查灵敏度不高的缺点。肿瘤标志物蛋白芯片可一次并行检测多项指标，提高了恶性肿瘤筛查的灵敏度，有利于肿瘤的早诊早治［9, 10］。同时，因其比单个指标测定的累积成本低而降低了筛查费用，更有利于项目筛查的普及，可应用于恶性肿瘤高危人群的风险筛查，也可应用于临床初诊中原发灶不明肿瘤的筛查［11］。自身抗体的多重分析有助于筛选系统性风湿病的自身抗体谱［12］。过敏原蛋白芯片适用于过敏原因不明的患者，多项目的过敏原筛查有助于过敏性疾病的预防和治疗［13, 14］。
2.疾病的实验室诊断：某些用于疾病实验室诊断的标志物可采用蛋白芯片进行检测。如某些自身抗体具有高度的特异性，检测这些自身抗体的蛋白芯片可用于自身免疫病的实验室诊断。心脏标志物蛋白芯片可同时检测心肌损伤酶学标志物肌酸激酶（creatine kinase，CK）及其同工酶（CK-MB）、心肌损伤蛋白类标志物肌钙蛋白I、肌红蛋白、心力衰竭生物标志物氨基末端脑钠肽前体等，多指标蛋白芯片联合检测，有助于为心肌损伤、心肌梗死或心力衰竭诊断提供实验室依据，提高早期诊断的灵敏度［15］。蛋白变应原微阵列最多能够将近5 000种变应原固定在1张芯片上［16, 17］，因而只需要极少量的患者血清，通过微阵列分析一次性检测相应数量的特异抗体，有助于变态反应性疾病的实验室诊断。
3.疗效监测：多项临床研究表明，血清学检测指标可用于疾病的疗效观察［11， 18, 19, 20, 21, 22, 23］。但观察治疗前后单指标的变化，可能因为检测项目的不敏感而限制其临床应用。而多指标蛋白芯片检测为疗效监测提供了一个普遍适用的方法。如对肝癌的疗效观察，临床研究资料表明，原发性肝癌患者甲胎蛋白（alpha-fetoprotein，AFP）阳性率较高，但转移性肝癌AFP阳性率很低而其他肿瘤标志物如癌胚抗原（carcinoembryonic antigen，CEA）却较高。因此，单纯AFP不适用于转移性肝癌患者的疗效监测指标，而使用多指标蛋白芯片作为监测标志物，可为肝癌的疗效监测提供一个简便且更为有效的方法。某些自身抗体参与组织的免疫病理损伤，与疾病的活动性有关，自身抗体蛋白芯片有助于观察治疗反应、指导临床诊疗［24］。
4.预后判断：临床研究表明，血清标志物可用于疾病的预后判断。如肿瘤复发和转移，肿瘤转移灶因部位不同，会导致血清相关标志物的改变。多项目联合检测可提高肿瘤转移复发的检测敏感性，有利于判断预后［25］。多指标肿瘤标志物蛋白芯片也适用于转移灶部位未明的转移监测［19］。自身抗体蛋白芯片也可用于自身免疫病的预后判断［26］。变应原微阵列在变态反应研究、变态反应病的筛查和诊断、治疗效果、改进特异性免疫治疗和预防方面有着广阔的应用前景［24， 27］
