肝是人体消化系统的一个大型器官，位于腹腔右上，毗邻胰腺、胃和膈肌等。肝实质的组织是围绕血管构筑的，在处理来自肠道的营养血液和化学解毒方面发挥关键作用。
肝组织HE染色切片为紫红色，实质性，无皮质、髓质的层次结构。由于肝叶很大，切片上一般不易看出分叶结构。
低倍镜观察：
核大而圆的肝细胞紧密排列，局部可见肝细胞索呈放射状围绕中央静脉。中央静脉管壁很薄，断面上常不完整，直接与肝细胞索之间的血窦相通。以中央静脉为中心向外扩大观察范围，可见距离每个中央静脉周围一定距离的不同方向上，都有一簇被疏松结缔组织填埋的管道。其中，至少能观察到内有单层扁平上皮的两根血管——小叶间动脉和小叶间静脉，以及有立方或柱状上皮的小叶间胆管。此处称为“门管区”，与中央静脉处仅有静脉的结构区别明显。在人类，小叶间动脉较之小叶间静脉，内腔常更小，管壁更厚，平滑肌层更发达。来自某些动物（如兔）肝的切片，小叶间动、静脉区别可能不明显。
肝组织的组织结构示意图
由于制片收缩或实验动物种类的因素，肝细胞索和以中央静脉为中心的肝小叶结构可能十分醒目。肝细胞索之间为肝血窦，该区可见胞核略小且不规则的其它细胞类型。
有时在肝小叶之间可见结缔组织内只有一条小叶下静脉，内径大于中央静脉，管壁结构完整。小叶下静脉为中央静脉汇合形成。
不同区域的肝细胞，在镜下的染色性质和形态并不均一。
肝HE染色 （A）肝实质低倍；（B）中央静脉高倍；（C）门管区中倍。CV 中央静脉；P 门管区；a 小叶间动脉；v 小叶间静脉；b 小叶间胆管。
肝HE染色高倍示小叶内的细胞类型
高倍镜观察：
高倍镜下，肝实质组织的基本结构为肝细胞索和其间的肝血窦。
（1）肝细胞
肝细胞彼此连结形成条索，可弯曲排列，有时可见分支。细胞大而饱满，呈多边形或近圆形。核圆而居中，常染色质丰富，可见核仁，偶有双核。胞质通常显示嗜酸性，有的肝细胞呈一定嗜碱性；胞质局部可有尺寸和数量不等的脂滴空泡。两个肝细胞之间的连结部，有时仔细观察可见很小的不着色“亮点”，该处为截面较大的胆小管。
（2）肝血窦
位于肝细胞索之间，宽窄不一，形态不规则，在充血标本上较宽大。血窦内常见红细胞填充。血窦边缘可见内皮细胞的梭形或扁椭圆形细胞核，染色较深。血窦内还常见肝巨噬细胞（库否细胞），体积较肝细胞小，核卵圆或不规则形，胞体形态不规则，胞质常呈强嗜酸性。
肝组织常见生理性改变：
在正常人体和实验动物中，肝组织的结构会有较大的个体差异。主要体现在脂滴的多少和糖原的含量上。这两种改变常常并非疾病引起。营养过剩或暂时性化学刺激，脂滴就容易在肝细胞内聚集；而营养过剩、饥饿等，也能改变糖原的含量。这两种结构，在常规光镜石蜡制样过程中都会流失。脂滴空泡比较容易辨认，切面大多为规则圆形，尺度不等。而糖原的流失，一般是通过空白不着色区的形态来判断。
在人类，肝细胞的脂滴过多或者糖原过少，一般提示亚健康状态。但在一些实验动物就不见得了。以大鼠为例，由于大鼠没有胆囊，肝脏在脂类消化吸收过程中承压更大，因此适当的脂肪肝并不提示任何病变（完全没有脂滴反而有问题）。只有脂肪变较重的情况下，与对照样本才容易看出显著区别。
大鼠肝重度脂肪变光镜观察（高倍）
