海南医学院已经形成了以省部级重点实验室为平台的重点实验室集群。其中教育部重点实验室有3个：急救与创伤研究教育部重点实验室、热带转化医学教育部重点实验室、生殖健康及相关疾病研究与转化教育部重点实验室（立项建设）；教育部工程研究中心1个：热带药物创新与转化教育部工程研究中心（立项建设）；国家卫生健康委重点实验室1个：国家卫生健康委热带病防治重点实验室（立项建设）。

省级重点实验室7个：海南省热带药用植物研究开发重点实验室、海南省人类生殖与遗传重点实验室、海南省肿瘤发生和干预重点实验室、海南省创伤与灾难救援研究重点实验室、海南省热带脑科学研究与转化重点实验室、海南省热带心血管病研究重点实验室、海南省运动与健康促进重点实验室（社会科学）。

联合实验室2个：海南医学院-香港大学联合实验室、海南医学院-上海交通大学医学院附属瑞金医院-美国塞缪尔•魏克斯曼癌症研究基金会（SWCRF）三方共建衰老与肿瘤国际研究中心（ICAC）。

科研共享平台2个：海南省药物开发与研究科技园（海南省药物安全性评价研究中心）、海南医学院科学实验中心。

另有，省级医学临床研究中心5个、省级国际联合研究中心1个、省级资源库1个、省级工程研究中心8个（新获批筹建5个）、海口市重点实验室3个。海南省院士工作站9个、院士创新中心8个。博士后科研工作站2个。

2018-2023年，共获得省部级及以上奖项40项，其中海南省自然科学一等奖、科学技术进步奖一等奖6项，中国发明协会“发明创业奖创新奖”一等奖1项。获批省部级科研项目490项，国家自然科学基金资助276项。以第一作者或通讯作者在国内外学术刊物发表论文近万篇，其中被SCI收录2891篇，中文核心2279篇，在Cell、Nature和Science三大顶级刊物上发表论文4篇。近五年，年均到校科研经费达5047.73万元，其中年均纵向科研经费达4170.69万元。

学校主办6本学术期刊：海南医学院学报（中文版）、海南医学院学报（英文版）(Journal of Hainan Medical University)、亚太热带医药杂志（英文版） (Asian Pacific Journal of Tropical Medicine)、亚太热带生物医学杂志（英文版）（Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine）、急性病杂志（英文版）（Journal of Acute Disease）、亚太生殖杂志（英文版）(Asian Pacific Journal of Reproduction)。